Η υπόθεση ανέκυψε έπειτα από προσφυγή γονέων και της Ένωσης Αθέων κατά της απόφασης του υπουργείου Παιδείας του 2022 η οποία προέβλεπε ότι για την απαλλαγή των μη Ορθόδοξων Χριστιανών μαθητών από το μάθημα των θρησκευτικών υποβάλλεται αίτηση στον διευθυντή του σχολείου η οποία συγκεκριμένα θα αναφέρει: «Λόγοι θρησκευτικής συνείδησης δεν επιτρέπουν τη συμμετοχή (μου ή του παιδιού μου) στο μάθημα των θρησκευτικών».
Με δυο αποφάσεις της η Ολομέλεια του ΣτΕ έκρινε ότι η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση δεν αντίκειται στις διατάξεις του Συντάγματος και της ΕΣΔΑ για τη θρησκευτική ελευθερία, «δεδομένου ότι η εν λόγω αίτηση γίνεται χάριν απαλλαγής από την επιβαλλόμενη από το Σύνταγμα και τον νόμο υποχρέωση παρακολούθησης του μαθήματος των θρησκευτικών».
Στο σκεπτικό των δικαστών αναφέρεται ότι «η συλλογή και φύλαξη των αιτήσεων απαλλαγής από την παρακολούθηση του μαθήματος των θρησκευτικών από τον διευθυντή του σχολείου και η καταστροφή τους 3 μήνες μετά τη λήξη του σχολικού έτους, συνιστά μεν μη αυτοματοποιημένη επεξεργασία «ειδικών» δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα σχετικών με θρησκευτικές πεποιθήσεις, η οποία εμπίπτει στο πεδίο εφαρμογής του ΓΚΠΔ, αλλά δεν παραβιάζει την αρχή της αναλογικότητας/ελαχιστοποίησης των δεδομένων, διότι διασφαλίζει την απαλλαγή για λόγους θρησκευτικής συνείδησης σε εκείνους που προβάλλουν τη σχετική αξίωση, στα πλαίσια της υποχρέωσης του κράτους για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης με σεβασμό στις θρησκευτικές και φιλοσοφικές πεποιθήσεις των γονέων, περιορίζεται δε σε κατάλληλα, συναφή και αναγκαία για τους σκοπούς της επεξεργασίας δεδομένα, απαραίτητα για την οργάνωση της εκπαιδευτικής διαδικασίας και της σχολικής ζωής».
