Το λιμάνι του Ηρακλείου, όπως και τα άλλα δώδεκα λιμάνια της χώρας, τα οποία έχουν χαρακτηριστεί εθνικής σημασίας, λειτουργεί με ένα ειδικό καθεστώς ανεξάρτητης διοίκησης, αστυνομικής, λιμενικής και οικονομικής διαχείρισης. Είναι το μεγαλύτερο λιμάνι της Κρήτης, τρίτο ή τέταρτο σε όλους τους τομείς της δραστηριοποίησης του στην Ελλάδα, και ανήκει χωροταξικά στον Δήμο Ηρακλείου και ουσιαστικά στους πολίτες του Ηρακλείου αλλά και ολόκληρης της Κρήτης.
Η ανεξάρτητη λειτουργία του λιμανιού είναι βέβαιο ότι συμβάλλει θετικά στην αναπτυξιακή του πορεία και τους εθνικούς αντικειμενικούς σκοπούς που εξυπηρετεί χωρίς αμφιβολία. Είναι όμως εξίσου σημαντικό και απαραίτητο, η λειτουργία και η ανάπτυξη του να πορεύονται μαζί με τα συμφέροντα της πόλης του Ηρακλείου, με τον δήμο αρωγό και συμμέτοχο στις αποφάσεις που καθορίζουν το μέλλον του.
Δεν πρόκειται να ασχοληθούμε με την αντιπαλότητα που υπήρχε τα προηγούμενα χρόνια στη Διοίκηση του Οργανισμού Λιμένα με τον Δήμο Ηρακλείου, η οποία εξομαλύνθηκε σε μεγάλο βαθμό με τη νέα Δημοτική Αρχή το έτος 2014. Η πόλη άργησε αλλά βρήκε τον τρόπο επανασύνδεσης της με το λιμάνι που είχε αποκοπεί από αυτήν και η πλειονότητα των λειτουργιών του ήταν προσανατολισμένη στην ακτοπλοΐα και τις θαλάσσιες μεταφορές. Η επανασύνδεση ξεκίνησε από το 2004 κυρίως με αναπλάσεις και τις διανοίξεις δρόμων στον παραλιακό αλλά και στον αστικό ιστό. Οι αστικές αναπλάσεις που συνεχίζονται ακόμη και σήμερα κατάφεραν να εξωραΐσουν και να αλλάξουν την εικόνα της πόλης. Ο πολιτιστικές εκδηλώσεις που αυξήθηκαν και η πρωτόγνωρη τουριστική και διαφημιστική εκστρατεία του Δήμου Ηρακλείου, έδωσαν ώθηση στον τουρισμό καθιστώντας το Ηράκλειο έναν ελκυστικότερο προορισμό συμβάλλοντας και στην αύξηση της κρουαζιέρας στο λιμάνι του Ηρακλείου.
Παρά ταύτα όμως χρειάζονται να γίνουν ακόμη περισσότερα, κυρίως από την πλευρά του Δήμου, ώστε το λιμάνι να απαιτήσει ένα νέο πολυδιάστατο χαρακτήρα και έναν ρόλο εντασσόμενο οργανικά μέσα στο καθεστώς αρμονικής συμβίωσης με το σύστημα της πόλης -λιμάνι. Η ανάληψη πρωτοβουλιών και δραστηριοτήτων του Δήμου στη χερσαία ζώνη και το παραλιακό μέτωπο της πόλης πρέπει να συνεχιστούν ανάμεσα στην πόλη και το λιμάνι.
Η λειτουργία του ιστορικού θεατρικού σταθμού πρέπει να παραμείνει στην υπηρεσία των πολιτιστικών λειτουργιών του Δήμου, όπως και το ΚΑΦΕ ΕΣΤΙΑΤΟΡΙΟ ΜΑΡΙΝΑ στον Ενετικό Λιμένα. Ο περιβόητος κόμβος της πλατείας 18 Άγγλων και η οδός Μητσοτάκη που στραγγαλίζουν την κυκλοφορία πρέπει με συνεργασία Δήμου και ΟΛΗ να αναπλαστούν και να αποκατασταθεί το κυκλοφοριακό «μπλακ άουτ». Η αναβάθμιση του παραλιακού μετώπου που είχε ξεκινήσει το 2004 πρέπει να συνεχιστεί και η κατασκευή της Μαρίνας σκαφών αναψυχής στο Γιόφυρο να ξεκινήσει.
Η ελευθερία κινήσεως στους αναπλασμένους χώρους κατά μήκος του παραλιακού μετώπου θα δημιουργήσει γέφυρα επικοινωνίας της πόλης με το λιμάνι και τη θάλασσα και η ολοκλήρωση της αντιδιαβρωτικής προστασίας με την πλαζ κολύμβησης στον όρμο Δερματά θα προκαλέσει το ενδιαφέρον ως πόλος έλξης και επισκεψιμότητας των πολιτών. Η λειτουργία του Ναυτικού Μουσείου στη χερσαία ζώνη στο παλιό ΚΤΕΛ θα αποτελέσει ένα πρωτόγνωρο σημαντικό τρόπο επικοινωνίας της πόλης με το λιμάνι και το θαλάσσιο στοιχείο.
Συνεπώς, πρωταρχικό μέλημα στον κάθε σχεδιασμό έχει η συνεργασία του Δήμου με τον ΟΛΗ με γνώμονα την ανάπτυξη και βάση της ανάπλασης του θαλάσσιου μετώπου της πόλης του Ηρακλείου. Εκτέλεση έργων με σεβασμό στην ιστορικότητα σε συνδυασμό με την εξυπηρέτηση των κατοίκων της πόλης αλλά και την εύρυθμη – ομαλή λειτουργία του λιμένα.
Ήρθε η εποχή μετά από μία μακρά περίοδο καχυποψίας, αμφισβήτησης και ελλιπούς συνεργασίας η πόλη του Ηρακλείου και το λιμάνι να προχωρήσουν μαζί ως ένα ισχυρό και αδιαίρετο δίπολο, με αδιάρρηκτους δεσμούς που δεν θα επιτρέψουν καμία διάσπαση, να συνεχίσουν ενωμένοι ένα ταξίδι ανάπτυξης και πολιτισμού αντάξιο της ιστορίας του Μεγάλου Κάστρου και του λιμανιού του.