Αντιμέτωπος με την κακουργηματική δίωξη της κατάχρησης ανηλίκων σε ασέλγεια κατά συρροή και κατ’ εξακολούθηση βρίσκεται ο ιδρυτής της Κιβωτού του Κόσμου, πατέρας Αντώνιος. Παράλληλα αντιμετωπίζει μαζί με επτά πρώην υπαλλήλους της δομής διώξεις για πλήθος αδικημάτων, όπως βαριά σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροήν, επικίνδυνη σωματική βλάβη ανηλίκων κατά συρροήν, κ.α
Ο ίδιος αρνείται τα πάντα και αφήνει αιχμές για «κατασκευασμένο» κατηγορητήριο.
Στο απολογητικό υπόμνημά του, στοιχεία του οποίου αποκαλύπτει ο Ελεύθερος Τύπος της Κυριακής, που αριθμεί 108 σελίδες,ο πατέρας Αντώνιος αναφέρθηκε στην «25ετή άοκνη και ανιδιοτελή δράση» της δομής που χωρίς καμία κρατική χορηγία κατάφερε να φιλοξενεί σήμερα «150 παιδιά από βρέφη έως 18 ετών, εκατοντάδες μητέρες και άπορες οικογένειες».
Όσον αφορά στις καταγγελίες, αναφέρει συγκεκριμένα περιστατικά τόσο για τον 19χρονο καταγγέλλοντα, όσο και τον 14χρονου, επιχειρώντας να αποδομήσει τις μαρτυρίες τους, επικαλούμενος ακόμα και αποσπάσματα εκθέσεων ψυχοθεραπευτών, ενώ εκφράζει απορία για το αν γνωρίζονταν μεταξύ τους, καθώς ο ανήλικος βρισκόταν σε δομή της επαρχίας.
Την καταγγελία δε, του 14χρονου την αποδίδει στην επιθυμία του να επιστρέψει στη μητέρα του, η οποία αντιμετώπιζε τη σθεναρή άρνηση της Εισαγγελίας σε μια τέτοια προοπτική.
Περίπου 50 σελίδες απαιτήθηκαν από το πολυσέλιδο υπόμνημα του πατρός Αντωνίου για να αρνηθεί πλήρως μία προς μία όλες τις κατηγορίες που αφορούν σε σωματικές κακοποιήσεις και τιμωρητικές συμπεριφορές εντός των δομών Χίου, Βόλου, Ιωαννίνων, Καλαμάτας και Αθήνας.
Κλείνοντας το υπόμνημά του ο ιερέας αναφερόμενος στη λειτουργία της «Κιβωτού του κόσμου» λέει πως στη δομή των Ιωαννίνων δεν υπέπεσε ποτέ στην αντίληψη του ψυχιάτρου Φ.Μ., που εξέταζε εθελοντικά από το 2015 έως το 2021 τα παιδιά, κάτι μεμπτό, ενώ αντίστοιχα ο ψυχίατρος Ν.Σ. αναφέρει για τις δομές σε Αθήνα και Χίο σχετικά με την εθελοντική εργασία πως «ο πίνακας για μικροδουλειές, όπως έχει αναπτυχθεί από το Ινστιτούτο Ανάπτυξης Παιδιών, έχει σκοπό την καλλιέργεια της υπευθυνότητας και της αυτοεκτίμησης».
Αναφερόμενος στη λειτουργία της δομής στον Βόλο, ο ιερέας υποστηρίζει πως έγινε άμεση απόλυση της παιδαγωγού Ο.Π., αφού ομολόγησε ότι έβαλε έναν ανήλικο για δευτερόλεπτα σε σιδερένια κατασκευή, τύπου «κλουβιού».
Τέλος, αναφέρεται στην περίπτωση τιμωρητικής συμπεριφοράς άλλου ανηλίκου, ο οποίος ουδέποτε κατέθεσε στην Εισαγγελία αλλά ξαφνικά κατέθεσε σε κοινωνική λειτουργό στην Καλαμάτα. «Ομως, έπειτα από έναν μήνα ο ανήλικος εκθέτει χειρόγραφα και με επικύρωση του γνησίου της υπογραφής του τις απόψεις του και διαψεύδει την κοινωνική λειτουργό». «Εγώ της το αρνήθηκα και μου είπε ότι κανονικά πρέπει να τα καταθέσει στην Εισαγγελία και της είπα “αφού δεν ισχύουν, τι θα πείτε;”. Και μου είπε ότι δεν με πιστεύει. Είναι ότι είναι ψέματα όλα αυτά, δεν έφαγα ποτέ ξύλο, αυτοί οι άνθρωποι είναι οικογένειά μου», ανέφερε στην κατάθεσή του ο ανήλικος, που, σύμφωνα με τον πατέρα Αντώνιο, λίγες ημέρες αργότερα έπεσε θύμα άγριου ξυλοδαρμού.